• Ejecutar los programas y actividades de salud pública que se programen en el Departamento, adoptando, para la operatividad de los mismos, la estructura de ordenación territorial comarcalizada vigente dentro de cada Área de Salud y desarrollando las actividades materiales necesarias en cuanto a inspección y control sanitario.
• Resolver las autorizaciones administrativo-sanitarias de funcionamiento de actividades, industrias y establecimientos alimentarios que no deban inscribirse en el Registro General Sanitario de Alimentos.
• Incoar los procedimientos sancionadores por infracciones en las materias de salud pública, centros sanitarios, ordenación farmacéutica y publicidad sanitaria, adoptando las medidas de carácter preventivo o cautelar, incluidas las de cierre o suspensión de establecimientos, e instruir y tramitar, como unidad administrativa especial, todos los procedimientos sancionadores.
• Ejecutar las tareas operativas que requiera la cobertura de prestaciones sanitarias individuales que se aseguran públicamente a la población y, de acuerdo con ello:

- Tramitar y resolver las altas y bajas en el régimen de aseguramiento público sanitario vigente y realizar la gestión periférica que requiera la configuración del Registro Central de aseguramiento de la Comunidad Autónoma.

- Realizar los estudios que se requieran sobre cobertura, uso y acceso a los servicios sanitarios por los usuarios en el Área de Salud respectiva, así como recabar e integrar la información correspondiente sobre los niveles de satisfacción y las quejas y reclamaciones tramitadas en los servicios sanitarios públicos y concertados.

- Tramitar los expedientes de reintegro de gastos por asistencia sanitaria y resolver aquellos en los que la solicitud comprenda un importe de hasta 19.000 Euros. Asimismo tramitar y resolver los expedientes correspondientes a la prestación ortoprotésica.

- Realizar la homologación previa y, como órgano específico de contratación, la tramitación, la suscripción, resolución de incidencias, seguimiento y evaluación de los conciertos de servicios sanitarios, cuando las prestaciones contratadas se dirijan a su respectiva Área de Salud, de conformidad con las directrices y criterios que se establezcan en el Departamento.

- Ejecutar la tramitación, la suscripción, resolución de incidencias, seguimiento y evaluación de los Contratos-Programa con las organizaciones de servicios sanitarios del Ente Público Osakidetza-Servicio Vasco de Salud, siguiendo para ello las directrices y criterios que se establezcan en el Departamento.

- Realizar la tramitación, seguimiento y evaluación de los expedientes de contratación de servicios sanitarios cuya resolución corresponda a la Viceconsejería de Sanidad, de conformidad con las instrucciones que se dicten desde este órgano.